Sejarah
Yayasan Kanisius adalah lembaga pendidikan yang menyelenggarakan sekolah-sekolah mulai dari KB sampai tingkat SMA/SMK. Sekolah-sekolah Kanisius tersebar di wilayah Keuskupan Agung Semarang. Kebanyakan berada di daerah pedesaan. Beberapa yang berada di kota bisa ditemukan di kampung-kampung, tempat pemukiman rakyat biasa.
Yayasan Kanisius merupakan lembaga pendidikan tertua di Jawa. Didirikan di Muntilan pada tahun 1918 sebagai “Canisius Vereniging”, yang berarti Perkumpulan Kanisius. Selanjutnya, pada tahun 1927 karena alasan-alasan praktis statusnya diubah menjadi “Canisius Stichting”, yang berarti Yayasan Kanisius. Didirikan oleh Fransiskus van Lith,SJ pada tahun (1918). Pada saat itu Yayasan Kanisius masih menjadi milik Vikariat Apostolik Batavia. Sejak didirikannya, Yayasan ini dipercayakan kepada Serikat Yesus. Baru pada tahun 1940 Yayasan Kanisius diserahkan kepada Vikariat Apostolik Semarang. Ketika itu Vikariat Apostolik Semarang baru saja dibentuk dan Mgr. Albertus Soegijapranata SJ menjabat sebagai vikaris apostoliknya. Seirama dengan perkembangan Yayasan Kanisius berkembang pula gereja ke pelosok-pelosok wilayah Keuskupan Agung Semarang. Adapun tujuan yang ingin dicapai dengan mendirikan sekolah-sekolah Katolik adalah :
“Menabur Sabda Kristus di tengah masyarakat Jawa melalui guru-guru yang dididik sendiri, dan memberi kesempatan belajar kepada anak-anak rakyat kecil di desa dan di kota, yang tidak mendapat kesempatan belajar.”
Untuk mewujudkan kedua tujuan itu pada tanggal 31 Agustus 1918 di Muntilan didirikan “Canisius Vereniging” atau Perkumpulan Kanisius. Rama J.H.J.L. Hoeberechts SJ menjadi ketua dan Rama F. van Lith sebagai sekretarisnya. Rama Hoeberechts pada saat itu menjabat Superior Missionis Serikat Yesus (dari Mei 1918 – Juni 1927). Pengesahan pemerintah diperoleh dengan keputusan gubernur Jenderal Hindia Belanda di Cipanas pada tanggal 21 Oktober 1918 yang dicantumkan dalam lembaran Negara 1918 no. 11, serta diumumkan dalam Javasche Courant pada tanggal 3 Desember 1918 no. 97.
Sampai saat ini Yayasan Kanisius (Pendidikan) terdiri dari empat cabang. Kantor pusat sendiri berlokasi di Semarang. Keempat cabang tersebut adalah: Yayasan Kanisius Cabang Semarang, Cabang Magelang, Cabang Surakarta, dan Cabang Yogyakarta.
Awal mula berdirinya SMA Kanisius Kudus didasarkan keperluan akan Sekolah Menengah Atas (SMA) yang waktu itu di Kudus belum ada satupun. Para lulusan SMP di Kudus yang akan melanjutkan pendidikan ke SMA harus bersekolah ke Pati atau ke Semarang. Walaupun jumlah tamatan SMP yang melanjutkan belajar relatif belum banyak, namun saat itu keberadaan SMA di Kudus sangat didambakan oleh masyarakat, terutama bagi mereka yang status sosial ekonominya memungkinkan. Keinginan mendirikan sekolah itu mendapat tanggapan yang positif dari kalangan dermawan di Kudus sehingga dalam waktu singkat telah tersedia areal tanah yang cukup dengan 3 ruang bangunan gedung, yang berlokasi di Jln. Pramuka No. 33 A Kudus, yang digunakan yaitu ruang untuk guru / karyawan dan 2 ruang untuk belajar
Dengan bangunan awal sebagai cikal bakal gedung sekolah, maka Pastor Paroki Rm. A. De Koning, MSF bersama dengan Pengurus Gereja dan Papa Miskin (PGPM) memohon kepada Yayasan Keluarga Pusat Semarang untuk dapat bernaung secara administrasi dengan meminta agar diselesaikan ijin operasionalnya kepada Kepala Inspeksi SMA di Jakarta . Namun demikian pihak yang berkepentingan di Kudus meminta agar segala urusan administrasi dan keuangan dapat berdiri sendiri dengan otonomi penuh.
Setelah selesai ijin operasional, maka peresmian pembukaan sekolah dilaksanakan dalam suatu upacara pemberkatan yang dilakukan oleh Romo Uskup dari Keuskupan Agung Semarang yang pertama Mgr. Albertus Soegijopranata di Jl. Pramuka No. 33 A Kudus pada tanggal 1 Agustus 1958 dengan nama SMA Keluarga. Sampai sekarang tanggal 1 Agustus 1958 selalu diperingati sebagai hari kelahiran SMA Keluarga di Kudus. Sejak saat SMA Keluarga sebagai lembaga pendidikan mulai menyelenggarakan kegiatannya di pagi hari jam 07.00 – 12.45. SMA Keluarga adalah satu-satunya SMA di Kudus, sebab SMA Negeri baru berdiri 1 tahun kemudian, maka pada awal pembukaannya para lulusan SMP yang sedianya melanjutkan pendidikannya keluar kota Kudus beralih mendaftarkan masuk di SMA Keluarga, sehingga pada saat pertama kali penerimaan murid baru langsung mendapat 2 kelas masing-masing dengan 48 siswa, yaitu 1 kelas jurusan SMA – B dan 1 kelas jurusan SMA – CSebagai pejabat kepala sekolah ditunjuk Bpk. Machmud (guru SMP Keluarga Kudus) dibantu oleh guru-guru honorer dari luar dan sebagaian yang lain dari guru SMP Keluarga Kudus, sedangkan tata Usaha yang pertama adalah Bpk. FX. Handono (Ka. TU SMP Keluarga Kudus).Dengan segala kesederhanaannya sekolah mulai berjalan dibawah naungan yayasan Keluarga Pusat Semarang namun sesuai dengan persetujuan semula bahwa semua urusan administrasi dan keuangan di kelola oleh Pengurus Yayasan Keluarga Cabang Kudus yang bersifat otonomi lepas dari Yayasan Keluarga Pusat.
Bertindak sebagai ketua Yayasan Keluarga Cabang Kudus adalah Rm. A.De Koning, MSF dibantu oleh bendahara Bpk. Lie Swie Liat yang mengelola keuangan guna penyelenggaraan dan pengembangan sekolah. Gereja terlibat secara langsung dalam mekanisme sekolah.Sekiranya terjadi defisit anggaran, maka uang gereja yang berasal dari kolekte dan donatur umat disubsidikan kepada sekolah, sehingga kegiatan sekolah tetap tidak terganggu. Keadaan demikian berjalan dari tahun ke tahun. Penataan dan pengembangan ruang belajar terus berjalan lebih-lebih dengan makin tingginya kepercayaan masyarakat, sehingga perkembangan sekolah berjalan baik.
Waktu berlalu hingga pada akhirnya pengelolaan SMA Keluarga diserahkan kepada Keuskupan Agung Semarang yang kemudian mendelegasikan kepada Yayasan Kanisius untuk mengelolanya, Maka Sejak tgl. 1 Juli 1989 secara resmi SMA Keluarga dikelola oleh Yayasan Kanisius namun milik Keuskupan Agung Semarang. Beberapa tahun kemudian berdasarkan Surat Keterangan Nomor: 422/3152/03.03/2012 SMA Keluarga resmi berganti nama menjadi SMA Kanisius Kudus. Karena SMA Kanisius Kudus milik Keuskupan Agung Semarang, sesungguhnya SMA Kanisius Kudus adalah milik umat paroki Kudus yang dikelola oleh Yayasan Kanisius.